El Consejo Federal del Trabajo actúa mediante los siguientes órganos:

La asamblea federal, que es el órgano superior del consejo, determina su acción y política general, aprueba su estatuto y elige a los miembros del comité ejecutivo y de las comisiones técnicas. Tiene al menos una reunión ordinaria cada 3 meses y sus resoluciones se adoptan por el voto de los dos tercios de los miembros presentes. La asamblea está integrada por una representación del cada una de las administraciones del trabajo nacional y jurisdiccionales. El Ministro de Trabajo, Empleo y Seguridad Social de la Nación es el presidente natural del cuerpo. La asamblea puede elegir un presidente alterno que ejercerá también las funciones de vicepresidente.

La secretaría permanente, que ejerce la secretaría de la asamblea federal y del comité ejecutivo, con la misión de conducir las actividades y estudios resueltos por esos cuerpos. Su titular será el secretario de Trabajo del MTEySS, pudiendo delegar total o parcialmente sus funciones.

El comité ejecutivo, que es el órgano responsable de las acciones necesarias para el cumplimiento de las decisiones de la asamblea. Los integrantes duran un año en sus funciones y pueden ser reelectos por un período similar.

Las comisiones técnicas permanentes o transitorias, están integradas por representantes que pueden o no ser miembros del consejo, pero cuyo presidente sí deberá serlo.